商品カテゴリーブロック内の各カテゴリは、そのカテゴリーに属する商品が１つ以上あれば表示される仕様になっています。
ですので、カテゴリーは登録したけど、商品をカテゴリに紐付けていないという場合は、
登録したはずのカテゴリがブロック内に表示されないという現象が起こります。

もし商品が１つも紐付いていないカテゴリーも表示させておきたいということであれば、
data/class/pages/frontparts/bloc/LC_Page_FrontParts_Bloc_Category.php で、
lfGetCatTree メソッドの第二引数を false にすることで、表示させることができます。

$this->arrTree = $this->lfGetCatTree($this->tpl_category_id, true);

を

$this->arrTree = $this->lfGetCatTree($this->tpl_category_id, false);

に変更。

また、トップページでは第一階層のカテゴリーのみ表示する仕様になっていますが、
最初から下層カテゴリーも表示させたい場合は、非表示を行っているif文を削除することで、表示させることができます。
以下のような感じでしょうか。

<!--{*
 * This file is part of EC-CUBE
 *
 * Copyright(c) 2000-2011 LOCKON CO.,LTD. All Rights Reserved.
 *
 * http://www.lockon.co.jp/
 *
 * This program is free software; you can redistribute it and/or
 * modify it under the terms of the GNU General Public License
 * as published by the Free Software Foundation; either version 2
 * of the License, or (at your option) any later version.
 *
 * This program is distributed in the hope that it will be useful,
 * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
 * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
 * GNU General Public License for more details.
 *
 * You should have received a copy of the GNU General Public License
 * along with this program; if not, write to the Free Software
 * Foundation, Inc., 59 Temple Place - Suite 330, Boston, MA  02111-1307, USA.
 *}-->
<script type="text/javascript">//<![CDATA[
    $(function(){
        $('#category_area li.level1:last').css('border-bottom', 'none');
    });
//]]>
</script>
<div class="bloc_outer">
    <div id="category_area">
        <div class="bloc_body">
            <h2><img src="<!--{$TPL_URLPATH}-->img/title/tit_bloc_category.gif" alt="商品カテゴリー" /></h2>
            <!--{strip}-->
                <ul id="categorytree">
                    <!--{assign var=preLev value=1}-->
                    <!--{assign var=firstdone value=0}-->
                    <!--{section name=cnt loop=$arrTree}-->
                        <!--{* 表示フラグがTRUEなら表示 *}-->
                        
                            <!--{assign var=level value=`$arrTree[cnt].level`}-->
                            <!--{assign var=levdiff value=`$level-$preLev`}-->
                                <!--{if $levdiff > 0}-->
                                    <ul>
                                <!--{elseif $levdiff == 0 && $firstdone == 1}-->
                                    </li>
                                <!--{elseif $levdiff < 0}-->
                                    <!--{section name=d loop=`$levdiff*-1`}-->
                                            </li>
                                        </ul>
                                    <!--{/section}-->
                                    </li>
                                <!--{/if}-->
                            <li class="level<!--{$level}--><!--{if in_array($arrTree[cnt].category_id, $tpl_category_id)}--> onmark<!--{/if}-->">
                                <p>
                                    <a href="<!--{$smarty.const.ROOT_URLPATH}-->products/list.php?category_id=<!--{$arrTree[cnt].category_id}-->"<!--{if in_array($arrTree[cnt].category_id, $tpl_category_id)}--> class="onlink"<!--{/if}-->><!--{$arrTree[cnt].category_name|h}-->(<!--{$arrTree[cnt].product_count|default:0}-->)</a>
                                </p>
                            <!--{if $firstdone == 0}--><!--{assign var=firstdone value=1}--><!--{/if}-->
                            <!--{assign var=preLev value=`$level`}-->
                        
                        <!--{* セクションの最後に閉じタグを追加 *}-->
                        <!--{if $smarty.section.cnt.last}-->
                            <!--{if $preLev-1 > 0}-->
                                <!--{section name=d loop=`$preLev-1`}-->
                                    </li>
                                </ul>
                                <!--{/section}-->
                                </li>
                            <!--{else}-->
                                </li>
                            <!--{/if}-->
                        <!--{/if}-->
                    <!--{/section}-->
                </ul>
            <!--{/strip}-->
        </div>
    </div>
</div>